バイナリーオプションは、元締めはどうやって利益を確定しているのでしょうか？

バイナリ―オプションという取引を提供している業者のことです。

はい、基本的にトレーダーが外れた場合は、ほぼすべて業者の利益となります。

それは少し違いますね。例えば、よくある質問が
「締切時間ギリギリで、コール（上がる）とプット（下がる）の売れ行きにより、業者自身が調整や何らかのポジションを建ててるのでは？」
とあります。

つまり、業者も大損しないように偏った注文が発生した場合は、リスクヘッジのためにポジションを保有していると言われています。
正直なところ、業者ノーヘッジで大量の注文を受けてたら危険すぎです。
コールとプットの売れ行きに応じて自己でヘッジポジションを立てていると思います。

いいえ、特に影響はないかと思います。仮に市場側でヘッジしても確実にすべてがヘッジできるわけがありません。
タイミングやレートの変動によってはヘッジに失敗するケースが起きるのは当然ですから。

しかし、無制限に販売するとヘッジ失敗リスクが高いのでやはり販売額を制限することが考えられますよ。

それも確実ではないですね。ヘッジしたからと言って損失が発生しないということはあえません。
タイミングやヘッジの遅延によっては損失を出しているはずです。

はい、向こうも商売ですからそうなりますね。